Direcţia personal și mobilizare are misiunea de a contribui la realizarea obiectivelor strategice ale Marelui Stat Major al Armatei Naționale, prin promovarea și implementarea unui management eficient al resurselor umane, mobilizării și activității administrativ-militare în cadrul Armatei Naționale.

Direcţia cercetare militară are misiunea de a contribui la realizarea obiectivelor strategice ale Marelui Stat Major al Armatei Naționale, prin implementarea unui management eficient al cercetării militare în cadrul Armatei Naționale. 

Direcţia planificare strategică asigură sprijinul şi expertiza necesară conducerii Marelui Stat Major al Armatei Naţionale în procesul de luare a deciziilor în domeniul de planificare strategică a construcţiei militare şi întrebuinţarea Armatei Naţionale în ceea ce priveşte caracterul acţiunilor forţelor şi capabilităţile necesare pentru executarea misiunilor determinate, asistă structurile din compunerea şi subordinea Marelui Stat Major în procesul de transformare a Armatei Naţionale, în implementarea activităţilor şi instrumentelor de cooperare militară internaţională, precum şi coordonează activităţile din cadrul Armatei Naţionale ce ţin de controlul armamentelor.

Direcţia instruire întrunită şi doctrine are misiunea de a asigura planificarea generală, organizarea, conducerea, monitorizarea şi evaluarea procesului de instruire în Armata Naţională şi instituţiile Ministerului Apărării. 

Direcția management operațional are misiunea de a asigura susţinerea documentară a procesului de administrare, respectarea sistemului unic al lucrărilor de secretariat, precum şi a activităţii de protocol a şefului Marelui Stat Major al Armatei Naţionale, comandant al Armatei Naţionale. 

Direcţia medico-militară are misiunea de bază planificarea întrebuinţării forţelor şi mijloacelor serviciului medical al Armatei Naţionale pentru sprijinul medical al misiunilor executate de către Armata Naţională. 

Centrul gestionare resurse de mobilizare şi al efectivului Armatei Naţionale are misiunea de a contribui la gestionarea resurselor umane şi tehnico-materiale destinate asigurării funcţionării sistemului naţional de apărare, monitorizează, conduce, controlează activitatea centrelor militare, de asemenea coordonează şi verifică activitatea autorităţile administraţiei publice, instituţiilor publice şi agenţilor economici în domeniul administrativ-militar.